本院成立迄今(民國112年11月)已有68年歷史，前身為陸軍第一醫療大隊，民國44年9月1日，由行政院國軍退除役官兵就業輔導委員會接管，是為建院始日。民國46年3月1日，奉命改稱為臺灣竹東榮民療養所；同年9月1月，奉命改組為醫院，定名為臺灣竹東榮民醫院。民國52年4月1日，更名為行政院國軍退除役官兵輔導委員會竹東榮民醫院。民國79年，奉准擴大編制，大量進用各科專科醫師，整建大樓，增設現代化診療設備，並與臺北民總醫院建教合作，同年經衛生署評鑑為地區綜合教學醫院。配合政府組織改造，提升榮民醫院醫療服務品質，本院於民國102年1月1日改隸臺北榮民總醫院，更名為臺北榮民總醫院新竹分院，正式邁向醫學中心專業品質及社區醫院貼心服務的新紀元。
　　本院位於新竹縣竹東鎮下公館地區，佔地六公頃，座落台3線與北興路交匯處，是進出兩大山地鄉(尖石鄉與五峰鄉)必經處，臨近東西向台68號快速道路及國道3號(福爾摩沙)高速公路，亦為大竹東九大鄉鎮之交通樞紐，對求診病患極為便捷。
　　民國75年以前，本院所有建築物均為磚造瓦房，民國76年起，陸續完成門診大樓、醫療大樓、第一病房大樓、第二病房大樓、營養大樓、精神病房大樓、醫師宿舍大樓及綜合大樓等硬體建設，現有建築面積超過1萬5千餘坪，設有病房858床，包含健保急性床、慢性床、血液透析床、急診床、嬰兒床及機構式長照公務與自費床等。
　　在組織方面，行政單位設有醫務企管室、秘書室、營養室、社會工作室、人事室、主計室、政風室等部門。醫療單位設有內科部、外科部、婦產科、小兒科、骨科、泌尿科、麻醉科、精神科、神經科、家庭醫學科、復健科、牙科、放射科、皮膚科、眼科、耳鼻喉科、護理部、藥劑科等部門；另為因應地區民眾診療與預防保健需要特別設立了加護病房、血液透析室(洗腎中心)、高壓氧治療中心、體外震波碎石中心、呼吸治療中心、日間照護、居家照護、自費護理之家、健檢中心及社區健康管理中心等部門。
　　本院除負責照護竹、苗地區榮民、榮眷及一般民眾之醫療保健外，民國95年起，連續獲得新竹縣政府衛生局甄選為新竹縣偏遠地區急救責任醫院。民國100年，更經評選獲得衛生署補助新台幣2千餘萬元，成為「新竹縣急診照護中心」；除擴大急診照護中心空間及增購相關設備外，同時積極召募急診專科醫師、神經外科專科醫師等，提升鄉親急診就醫品質，同年七月亦推動「急性腦中風黃金三小時」診療服務，強化在地醫療，減少跨區就醫，滿足地區民眾需求，逐步達成優質醫療服務的目標。