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國軍退除役官兵輔導委員會為紓解臺東地區榮民、榮眷就醫需求，於民國七十八年委由臺北榮民總醫院鳳林分院，在臺東榮民服務處設立榮民診所，隨後配合衛生署建立全國醫療網計劃，專案報請衛生署同意於民國七十九年改立臺北榮民總醫院鳳林分院臺東分院，設置一般病床四十床；續於民國八十一年四月九日經「衛署醫字第八一一九四七四號」函同意擴充為一百張病床。醫院主體建築亦獲撥經費分兩期工程建設，分別於民國八十三年一月及民國八十五年六月相繼完成。期間經前臺北榮民總醫院鳳林分院劉院長德三先生精心擘劃，醫院初具雛形。唯地方榮民多已年邁，醫療需求日趨殷切；經本會遂規劃陳報行政院核定於民國八十六年六月十六日升格為臺北榮民總醫院臺東分院，正式成為輔導會第十二家榮民醫院。
本院服務宗旨為貫徹輔導會照顧偏遠臺東地區榮民（眷）之使命及支援馬蘭、太平兩榮家醫療保健工作。同時配合政府政策，參加全民健保，開放一般民眾就醫服務，嘉惠地區民眾。
民國八十九年輔導會為推動安養與醫療結合政策，特於馬蘭榮家內規劃設立本院新院區，工程於民國九十三年三月開工，歷時一年完成，於民國九十四年四月起由高雄榮民總醫院經管臺東分院，增設醫療科別，並提昇對臺東地區榮民、榮眷及一般民眾的醫療服務品質。有鑑於臺東地區精神醫療資源嚴重不足，乃由玉里分院支援專業人員籌設精神病房，於民國九十五年六月獲行政院衛生署許可精神一般急性病床20床、精神一般慢性病床76床，至於民國九十六年六月開辦。
民國九十七年一月起遵照輔導會醫療整合政策，本院與臺北榮民總醫院玉里分院進行水平整合，同時配合地區醫療需求與本院發展特色，擴充精神醫療園區，於民國九十七年續獲行政院衛生署許可業完成開設精神慢性一般病床44床；又於民國一00年十月經行政院衛生署許可增設精神慢性一般病床80床，在一0一年完成開設26床，以有效強化精神醫療照護品質，提升醫療服務績效。
目前本院床位數:急性一般病床為48床(含急性後期照護6床)、特殊病床為43床(急診留觀床2床、手術恢復床1床、洗腎床15床、呼吸照護床20床、安寧病床5床)；精神病床為166床(急性一般病床20床、慢性一般病床146床)。
本院並於112年11月17日榮獲SNQ國家品質標章之認證，是本院高品質醫療服務的象徵，更傳達超越品質的自我要求。
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